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INSTITUT DE BIOLOGIE DE L'ÉCOLE NORMALE SUPÉRIEURE

Présentation

Genomic Paris Centre regroupe les plateformes de génomique au sein de PSL. La structure est regroupée sur 2 sites : le premier localisé à l’Institut de Biologie de l’École normale supérieure (IBENS), le second à l’Institut Curie.

Ce site web ne présente que les activités de la plateforme de l’IBENS de Genomic Paris Centre.

Fonctionnement

La plateforme génomique de l’IBENS suit les recommandations de la charte IBiSA et intègre une démarche qualité certifiée. Nous sommes membre de l’infrastructure nationale France Génomique, initiée par le programme gouvernemental « Investissement d'Avenir », et nous participons activement au développement de sa feuille de route technologique.

Nos services sont ouverts à l’ensemble de la communauté scientifique ainsi qu’aux entreprises privées.

Plusieurs comités ont ainsi été mis en place afin de permettre le suivi des activités de la plateforme :

  • Un comité scientifique qui se réunit une fois par an, composé des membres des instituts avec qui nous collaborons le plus (au sein de PSL : ENS, Institut Curie, Collège de France; Sorbonne Université), propose des orientations stratégiques en termes d’équipement et de mode de fonctionnement de la plateforme.
  • Un comité des utilisateurs se réunit une fois par an pour discuter du bilan de la plateforme et des orientations technologiques futures.
  • En interne, un comité de gestion se réunit toutes les semaines pour examiner l’état d’avancement des projets déposés sur la plateforme et son fonctionnement courant, et tous les mois pour suivre les aspects R&D qui nous permettent de rester à la pointe des applications de la génomique.

Technologies

Depuis 2010, la plateforme propose du séquençage à haut débit en lecture courtes avec la technologie Illumina. Les séquenceurs sont régulièrement renouvelés pour suivre les évolutions techniques. Un NextSeq 2000 va être acquis en 2021. Avec cette technologie, la plateforme s’est focalisée principalement sur les applications en génomique fonctionnelle du séquençage à haut débit à travers les protocoles de RNA-Seq (petites quantités, mRNA...).

En 2016, la plateforme a acquis la technologie MinION de la société Oxford Nanopore Technologies (ONT). Elle permet de réaliser des lectures longues et de proposer le séquençage pleine longueur des transcrits qui est mieux adapté à certaines applications pour l’analyse des ARN (épissage, stabilité, structure, épigénétique...).

Nous avons acquis fin 2017 un système Chromium de 10X Genomics. La technologie d’analyse des cellules uniques est à la disposition de nos collaborateurs et permet le séquençage des ARN dans les cellules uniques sur un séquenceur Illumina. Une étude est en cours pour proposer, le séquençage longue lecture des cellules uniques sur la technologie ONT et permettre l’analyse plus précise des transcrits.

Historique

En 1998, l’Institut Curie, l’ESPCI et l’École normale supérieure (ENS Paris), ont mis en place, localisée à l’ENS, une des premières plateformes françaises dédiées à la production et l’analyse des données d’expression. La plateforme génomique de la Montagne Sainte-Geneviève ainsi créée, a eu dès l’origine pour objectif de rendre les technologies génomiques accessibles à tous, d’aider les laboratoires à gérer leurs projets haut débit et de vulgariser les approches à grande échelle à travers la communauté scientifique. Le suivi permanent de ces objectifs nous a permis d’être reconnus à l’échelle nationale grâce aux labellisations RIO (Réseau Inter Organismes : CNRS, INSERM, INRA et CEA) en 2002, RNG (Réseau National Génopôle) en 2005 puis IBiSA (Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie) en 2008.

En 2010, dans le cadre du renouvellement du label IBiSA, la plateforme génomique de la Montagne Sainte Geneviève s’est associée à la plateforme de séquençage à haut débit de l’Institut Curie. C’est sous cette structure que nous avons été retenus comme partenaire du consortium France Génomique financé sur le programme Investissement d’Avenir. La structure Genomic Paris Centre a été mis en place officiellement en juillet 2012 lors de la réunion d’inauguration du consortium France Génomique. Plus récemment, en 2018, nous avons étendu notre activité́ à la microgénomique et nous avons élargi notre périmètre en intégrant la plateforme de qPCR à haut-débit de l’ENS à notre organisation.

Nous avons démarré notre activité avec les puces à ADN. Ainsi de 2000 à 2006 nous avons produit plus de 8 000 puces à ADN pangénomiques (souris, levure, drosophile) ou sur des projets plus spécifiques (diatomées, développement du système nerveux de la souris, régions répétées et CGH chez l’homme). Ces lames ont été distribuées sur plus de 130 projets dans 9 pays européens différents. Nos principaux utilisateurs provenaient d’instituts de recherche, d’hôpitaux et d’universités. Toutefois grâce à l’amélioration de la qualité des puces à ADN commerciales et à la baisse significative de leur coût, nous avons en 2006 organisé le transfert de notre production locale vers des fournisseurs extérieurs (Agilent et Nimblegen). Puis en 2010 face à l’essor du séquençage à haut débit nous avons réorienté nos efforts des puces à ADN vers le RNA-Seq et en 2013 nous avons cessé de supporter les applications sur les biopuces.

À partir de l’année 2007, le séquençage à haut débit a révolutionné le paysage de la génomique. Nous avons participé à cette transition dès 2008 à travers la mise en place de projets pilotes et surtout en mettant l’accent en premier lieu sur l’automatisation de l’analyse des données.

En 2010, nous avons investi dans un appareil de séquençage à haut débit, Illumina HiSeq 1500, qui a ensuite été remplacé par un NextSeq 500 début 2015. Ce choix nous a permis d’acquérir l’un des appareils les plus flexibles et les plus fiables du marché à l’époque, mais aussi d’offrir une aide à l’analyse des données en RNA-Seq à nos utilisateurs dès l’ouverture de notre activité de séquençage. Nous avons réalisé plus de 280 projets regroupant plus de 3 200 échantillons de 2015 à 2020.