Équipements

La plateforme GenomiqueENS regroupe l’ensemble des appareils nécessaire à la réalisation du séquençage à haut débit en génomique fonctionnelle. Ces machines sont accessibles à tous les laboratoires et entreprises privées qui le souhaitent soit en accès libre pour les machines les moins sensibles, soit sous la forme d’une collaboration ou après le suivi d’une formation pour les appareils plus complexes.

Réservation des appareils de la plateforme

La plateforme dispose d'un calendrier de réservation de façon à gerer l'accès aux appareils disponibles en libre service.

Pour y avoir accès vous pouvez cliquer ici ou passer par le menu de droite.

Analyses à haut débit

Séquenceur à Haut débit – NextSeq 2000 Fabricant : Illumina Installation : juin 2021 Séquençage de jusqu’à 1,1 milliards de lectures en parallèle. Débit de lectures de 50 bases de long jusqu’à 2 x 150 bases de long. Accès : uniquement par l’intermédiaire du personnel de la plateforme.
Séquenceur à Haut débit – PromethION P2 solo Fabricant : Oxford Nanopore Technologies Installation : décembre 2022 Séquencage de longues lectures pour le RNA-seq. Accès : uniquement par l’intermédiaire du personnel de la plateforme.
Séquenceur à Haut débit – MinION Mk1B Fabricant : Oxford Nanopore Technologies Installation : mai 2016 Séquencage de longues lectures pour le RNA-seq. Accès : uniquement par l’intermédiaire du personnel de la plateforme.
Système d'analyse de cellule unique – Chromium X/iX Fabricant : 10X Genomics Installation : novembre 2023 Système permettant l’isolement de cellules uniques dans des gouttelettes. Peut isoler jusqu’à 10 000 cellules dont l'ARNm sera ensuite séquencé. Accès : uniquement par l’intermédiaire du personnel de la plateforme.
Système d'analyse de cellule unique – Chromium Fabricant : 10X Genomics Installation : décembre 2017 Système permettant l’isolement de cellules uniques dans des gouttelettes. Peut isoler jusqu’à 10 000 cellules dont l'ARNm sera ensuite séquencé. Accès : uniquement par l’intermédiaire du personnel de la plateforme.
Lecteur d’absorbance en plaque – SpectraMax Plus384 Fabricant : Molecular Devices Installation : avril 2000 Système utilisé entre autre pour la quantification des produits de PCR amplifiés. Accès : libre sur réservation pour les académiques après formation par le personnel de la plateforme.

Préparation des échantillons

Ultra-sonicateur – S220 Fabricant : Covaris Installation : juin 2013 Sonication grâce à une onde ciblée des échantillons de façon homogène et sans réchauffement. Permet entre autre la fragmentation des banques pour le séquençage à haut débit et celui de l’ADN pour les expériences d’immuno-précipitations. Accès : libre sur réservation pour les académiques après formation par le personnel de la plateforme. Les consommables sont à la charge des utilisateurs.

Contrôle qualité

Électrophorèse capillaire – Fragment Analyzer Fabricant : Agilent / Advanced Analytical Modèle; : 12 capilaires Installation : janvier 2018 Contrôle qualité des échantillons d’ADN et d’ARN dans un petit volume jusqu'à 96 échantillons. Possibilité d'utiliser 3 plaques 96 puits. Accès : libre sur réservation pour les académiques après formation par le personnel de la plateforme. Contactez-nous pour la tarification.
Spectrophotomètre à UV – Nanodrop OneC Fabricant : ThermoFisher Installation : décembre 2021 Contrôle qualité des échantillons d’ADN et d’ARN rapide et dans un petit volume. Accès : libre pour les académiques.
Fluorimètre – QuBit 3.0 Fabricant : Life Technologies Installation : mai 2017 Quantification des échantillons d’ADN, ARN et protéines en petite quantité. Accès : libre pour les académiques.